Для осуществления основных видов деятельности филиала, предусмотренных Положением о Ванинском филиале ФГУП «Росморпорт», а также предоставления услуг судовладельцам на подходах и в акваториях морских портов Ванино, Де-Кастри, Мыс Лазарева, Николаевск-на-Амуре и Советская Гавань, филиал располагает судами служебно-вспомогательного флота различного назначения.
По состоянию на 01.01.2021 за Ванинским филиалом закреплено 9 судов.
Структура флота филиала по функциональному назначению судов имеет следующий вид:
- портовые и рейдовые буксиры – 3 судна;
- лоцманские суда и катера – 1 судно;
- рабочие и служебно-разъездные катера – 3 судна;
- суда природоохранного назначения – 2 судна.