В феврале 2011 года ФГУП «Росморпорт» вошло в состав саморегулируемой организации «Ассоциация судоходных компаний», объединяющей более 50 членов, деятельность которых связана с перевозками морским и внутренним водным транспортом.
В марте 2013 года решением общего собрания членов Ассоциации судоходных компаний в устав ассоциации внесены изменения, предусматривающие изменение организационно-правовой формы и названия организации с Ассоциации судоходных компаний на Союз «Национальная палата судоходства».
В апреле 2013 года организация стала официально именоваться Союз «Национальная палата судоходства».
В октябре 2014 года организация переименована в Союз «Российская палата судоходства».
В июне 2016 года организация переименована в Общероссийское отраслевое объединение работодателей «Российская палата судоходства».
Саморегулируемая организация союз «Межрегиональное объединение организаций специального строительства»
В мае 2017 года ФГУП «Росморпорт» вступило в саморегулируемую организацию союз «Межрегиональное объединение организаций специального строительства», объединяющую более 200 членов в целях повышения качества выполняемых работ по строительству, реконструкции, капитальному ремонту объектов капитального строительства, а также предупреждения причинения вреда жизни или здоровью физических лиц, имуществу физических или юридических лиц, государственному или муниципальному имуществу, окружающей среде, жизни или здоровью животных и растений, объектам культурного наследия (памятникам истории и культуры) народов Российской Федерации вследствие недостатков работ, которые оказывают влияние на безопасность объектов капитального строительства и выполняются членами союза.
Ассоциация «Цифровой транспорт и логистика»
В январе 2021 года в соответствии с решением общего собрания членов ассоциации «Цифровой транспорт и логистика» (протокол внеочередного общего собрания членов ассоциации от 01.02.2021 № 9) ФГУП «Росморпорт» принято в члены ассоциации «Цифровой транспорт и логистика», которая объединяет более 10 организаций участников рынка в сфере транспорта и логистики.
