Лоцманская служба
Служба управления движением судов
Отдел портовых услуг и технической эксплуатации флота
Отдел капитального строительства и ремонта
Ремонтная группа
Отдел информационных технологий
Отдел связи и электрорадионавигации
Сектор навигационно-гидрографического обеспечения
Отдел технического наблюдения за акваторией
Группа наставников
Плавсостав
БухгалтерияФинансово-экономический отдел
Юридический отдел
Отдел по управлению государственным имуществом
Отдел по работе с персоналом
Сектор охраны труда
Отдел мобилизационной подготовки и гражданской обороныОтдел безопасности
Хозяйственный отдел
Отдел энергетики
Транспортный отдел
Режимно-секретное подразделение
Сектор пожарной безопасности
Канцелярия
Отдел в порту Де-КастриОтдел в порту Николаевск-на-Амуре
Обособленное подразделение порт Советская Гавань
- Обособленное структурное подразделение сопка Кекурная
Обособленное подразделение ГМССБ Охотск
