Руководство
Лоцманская служба
Служба управления движением судов (СУДС)
Служба навигационно-гидрографического обеспечения
- Ремонтно-восстановительная база (средств навигационного оборудования);
- Промерная партия
Служба связи и электрорадионавигации
- Отдел технического обеспечения СУДС
- Отдел технического обеспечения ГМССБ
- Центр управления связью в г. Южно-Сахалинск
- Отдел энергетики СОБМ
Отдел технического наблюдения за акваторией
Отдел портовой деятельности
Плавсостав
Группа наставников
Береговое подразделение причалов А-Е
Отдел капитального строительства и ремонта
Сектор охраны окружающей средыБухгалтерия
Финансово-экономический отдел
Юридический отдел
Сектор по управлению государственным имуществом
Сектор закупок
Отдел безопасности
Группа транспортной безопасности
Режимно-секретное подразделение
Сектор мобилизационной подготовки и гражданской обороны
Сектор по работе с персоналом
Сектор охраны труда
Административно-хозяйственный отдел
Канцелярия
Северное отделение
Северо-Западное отделение
Холмское отделение
- Холмский отдел лоцманской службы
