Служба управления движением судов
Служба связи и электрорадионавигации
Служба главного энергетика
Отдел навигационно-гидрографического обеспечения
Отдел технической эксплуатации флота
Отдел технического наблюдения за акваторией
Грунтоперегрузочный комплекс
Плавсостав
Отдел капитального строительства и ремонта
Сектор по охране окружающей среды
Отдел информационных технологий
Бухгалтерия
Финансово-экономический отдел
Сектор по управлению государственным имуществом
Юридический сектор
Сектор закупок
Отдел безопасности
Сектор по гражданской обороне
Сектор по охране труда
Сектор по работе с персоналом
Административно-хозяйственный сектор
Канцелярия
