Руководство
Служба лоцманских проводок
Служба управления движением судов
Служба морских каналов
- Архангельский участок СНО
- Катера
Служба связи, электрорадионавигации и информационных технологий
- Радиоцентр ГМССБ
- Береговая станция ГМБСС МР А2 «Илес»
- Отдел информационных технологий
Отдел дноуглубительных и промерных работ
- Гидрографическое судно «Галс»
Капитан-наставник
Диспетчерская
- Флот
Отдел флота
Отдел капитального строительства и ремонта
Служба главного энергетика
Бухгалтерия
Финансово-экономический отдел
Юридический отдел
Отдел по работе с персоналом
- Канцелярия
Отдел охраны труда и экологии
Отдел безопасности
Отдел технического наблюдения за акваторией
Сектор мобилизационной подготовки
Режимно-секретное подразделение
Отдел материально-технического снабжения
Отдел закупок
Подразделение «Онега»
Подразделение «Нарьян-Мар»
Подразделение «Сабетта»